LL’Archivio storico conserva carteggi, atti, memorie, verbali, contabilità, copialettere, registri inventario risalenti a un periodo compreso tra la prima metà del Seicento e la seconda metà del Novecento. L’Archivio, che offre un prezioso spaccato sulla vita dell'Accademia e sulla storia delle scienze, è consultabile in cartaceo e in parte anche online: alcuni documenti manoscritti sono pubblicati in rete attraverso DigitUs (archivio delle collezioni digitali dell'Università di Siena).
