Oltre alle collezioni pertinenti alle quattro principali sezioni, il Museo custodisce ed espone reperti e curiosità di vario tipo. La sala Gabbrielli raccoglie testimonianze della vita accademica, ritratti e fotografie di alcuni presidenti e vetrine con “mirabilia”, ossia oggetti curiosi delle tipologie più disparate riuniti in una sorta di “camera delle meraviglie”. Altre collezioni visibili nei locali del piano terra e del seminterrato sono costituite da reperti archeologici, modelli astronomici, strumenti scientifici e di misura. Infine, preziosi mezzi per la didattica e la divulgazione delle scienze sono la meridiana a camera oscura nel pavimento dell’Aula Magna, il modello di Sistema Solare e la macchina del vuoto nel seminterrato.
