La Sezione Anatomica occupa la sala dedicata al grande scienziato toscano Paolo Mascagni (1755-1815), nel piano rialzato del Museo. Di Mascagni, considerato l’anatomista che per primo ha descritto in dettaglio la struttura del sistema linfatico, si conserva materiale scientifico, storico e documentario: i preparati anatomici umani, le tavole della sua Anatomia universa, la preziosa biblioteca e le carte dell’archivio personale. Al secondo piano della Sala sono visibili anche una raccolta di animali domestici affetti da malformazioni e la collezione di pezzi anatomici pietrificati, ovvero 70 preparati in prevalenza umani (organi e feti) conservati a secco grazie a una tecnica ideata da Francesco Spirito nella prima metà del ‘900.