Le collezioni zoologiche, esaltate dal fascino dell’esposizione ottocentesca, raccolgono numerosi campioni di vertebrati naturalizzati (impagliati e montati in posizioni naturali), scheletri, esemplari in alcool, conchiglie di molluschi e scatole di insetti. Particolarmente ricche sono le collezioni di uccelli (circa 3000 reperti) e mammiferi (quasi 700), con esemplari provenienti da tutti i continenti, tra cui moltissime rarità e una specie estinta. Il valore delle collezioni del museo attrae numerosi studiosi italiani e stranieri, e costituisce materiale di studio per i ricercatori dell’Università di Siena. Il laboratorio tassidermico, parte integrante del museo, garantisce la preparazione, la manutenzione e il restauro di tutti gli esemplari. Nel pieno rispetto della legge e dell’etica oggi, a differenza del passato, i nuovi materiali acquisiti o preparati non derivano da catture ma solo da sequestri giudiziari e dal recupero di esemplari già morti.